ההתאחדות לכדורגל, בהתאם לאמור בחוק הספורט, מפעילה טריבונלים שיפוטיים פנימיים ועצמאיים. בין הטריבונלים האמורים נמצאים בית הדין העליון, בית הדין המשמעתי, הבוררות והמוסד למעמד השחקן. בית הדין המשמעתי פועל בשתי שלוחות, האחת בבניין ההתאחדות באצטדיון רמת גן והאחרת בסניף ההתאחדות בנשר.