איגוד השופטים אחראי על ניהול כל משחקי הכדורגל המתקיימים בליגות השונות של ההתאחדות וכן אחראי על הכשרת צוותי השיפוט המשובצים על ידי אופ"א ופיפ"א למשחקים בינלאומיים. בראש המערכת ניצב יו"ר הנהלת האיגוד ומתחתיו הנהלה בת שבעה חברים המורכבת ברובה (5 חברים) מנציגי ציבור, אחד מחברי ההנהלה הוא יו"ר הוועדה המקצועית הארצית. את הנהלת האיגוד מאשרת ועדה בראשותו של נשיא בית הדין העליון של ההתאחדות לכדורגל.

באיגוד מספר ועדות, החשובה בהן היא הוועדה המקצועית שאחראית על כל הנושאים וההיבטים המקצועיים בתחום השיפוט, כגון מינוי ושיבוץ שופטים ומבקרים, קביעת קריטריונים ומבחנים בתחום חוקת המשחק והכושר הגופני וכן קביעת תכניות עבודה מקצועיות לכל אחד מהסגלים השונים, הכנת דור שופטי העתיד ועוד.

את מדיניות הנהלת האיגוד מוביל ומיישם מנכ"ל האיגוד, האחראי, בין היתר, על העמידה ביעדים התקציביים והמנהלתיים של האיגוד, ההתנהלות מול ההתאחדות לכדורגל ומוסדות אופ"א ופיפ"א השונים בתחום השיפוט וכן גופים חיצוניים בארץ ובחו"ל, ומוביל ואחראי על פרויקט המצוינות של איגוד השופטים.

בצוות העובדים הכפופים למנכ"ל האיגוד כ-30 בעלי תפקידים כגון, מזכירות, מנהלים מקצועיים, מאמן כושר, מדריכים ועוד. את סגל ליגת העל מלווה באופן קבוע פסיכולוג ספורט חיצוני.

איגוד השופטים נהנה מעצמאות מקצועית, כך שלמרות שמבחינה תקציבית האיגוד הוא אחד מהאגפים בהתאחדות לכדורגל, כל מוסדותיו המקצועיים עצמאיים וכל ההחלטות והמינויים מתקבלים על ידי גופים בלתי תלויים ומקצועיים.

פעילויות שוטפות:

- ניהול ותפעול מאות משחקים מדי שבוע בליגות השונות.
- הדרכה, אימון וניהול כל סגלי השיפוט בליגות השונות.
- הכשרה, אימון וסיוע בשיבוץ שופטים למשחקים בינ"ל.
- הכשרה והשמה של שופטים חדשים.
- הובלה ויישום תכנית למניעת אלימות וגזענות בספורט בשיתוף עם ההתאחדות לכדורגל.
 
מנכ"ל האיגוד:
עו"ד יריב טפר