ההתאחדות לכדורגל בישראל הוסמכה על ידי אופ"א ועל ידי מנהל הספורט לקיים קורסים להכשרת מאמנים. אגף ההדרכה הוא המוביל, המתכנן והמבקר ויש לו סמכויות ומנדט מאופ"א ומנהל הספורט. מטרתו העיקרית של אגף ההדרכה היא גיבוש מסלול לפיתוח ולקידום הכדורגל, להכשרה ולהסמכת מאמנים וכן קידום איכות בעלי תפקידים בכדורגל.

פעילויות שוטפות:
- הכשרת מאמנים לאומיים, הכשרת מאמנים על פי תקן אופ"א, הכשרת מאמנים ומדריכים, הכשרת מאמנים ובעלי תפקידים בקבוצות ובנבחרות.
- ריכוז, יוזמה, תכנון ובקרה של קורסים, ימי עיון, השתלמויות וכנסים ברחבי הארץ למאמנים, שחקנים, מנהלים טכניים ומקצועיים של הקבוצות המסונפות להתאחדות.
- הפצת חומר מקצועי ומנהלתי לאגודות למטרת קידום הכדורגל בישראל.
- יצירת תשתית וכוח אדם מקצועי להסמכה לאימון.