הנהלת ההתאחדות לכדורגל היא בעלת ההשפעה הרבה ביותר על ענף הכדורגל בישראל. מוסד זה מהווה, הלכה למעשה, את הרשות המחוקקת המרכזית והפעילה של ההתאחדות ובו מתקבלות רוב ההחלטות העקרוניות המתוות את מדיניות ההתאחדות.
הנהלת ההתאחדות נבחרת אחת לארבע שנים, ע"י האסיפה הכללית כשחברי ההנהלה נבחרים מתוך רשימות מועמדים אותן מגישות הקבוצות. רשימות אלה חייבות להיתמך ע"י קבוצות בעלות למעלה מ- 20% ממספר הקולות באסיפה הכללית. הקבוצות החברות באסיפה הכללית בוחרות ברשימות המועמדים, בדומה לבחירות לכנסת.
הנהלת ההתאחדות מונה 29 חברים, אשר לכל אחד מהם קול אחד בהצבעה כשההנהלה רשאית למנות חברי הנהלה בדעה מייעצת.
מוזמנים קבועים לישיבות הנהלת ההתאחדות הם נציג מינהל הספורט במשרד החינוך, התרבות והספורט, יו"ר איגוד השופטים ויו"ר איגוד המאמנים. כמו כן, מוזמנים, בתוקף תפקידם, המנכ"ל וסמנכ"ל ההתאחדות.
ההנהלה בוחרת מקרב חבריה את נושאי המשרות הבאים: יו"ר ההנהלה, מ"מ יו"ר ההנהלה, סגן, מזכיר כבוד, גזבר כבוד ויו"ר ועדת הכספים.
ככלל, מתכנסת ההנהלה בתדירות של אחת לחודשיים-שלושה כשסדר היום בישיבות ההנהלה נקבע ע"י היו"ר והחלטות ההנהלה מתקבלות ברוב רגיל של הנוכחים.