מזכירות ההתאחדות לכדורגל היא מעין "קבינט" של ההנהלה, אשר עיקר תפקידיה הם ביצועיים והיא האחראית לניהול ענייני ההתאחדות, בהתאם להחלטות ההנהלה והאסיפה הכללית.
המזכירות מתכנסת ככלל בתדירות של אחת לשבועיים וסדר היום בישיבותיה נקבע ע"י היו"ר.

עפ"י תקנון ההתאחדות, נתונה למזכירות כל סמכות מסמכויותיה של ההנהלה, למעט סמכויות החקיקה כשהחלטות המזכירות מתקבלות ברוב רגיל של בעלי זכות ההצבעה הנוכחים בישיבה.
חברי המזכירות (המונה כיום 11 חברים) נבחרים ע"י ההנהלה עצמה, מקרב חבריה. חלק מחברי ההנהלה נבחרים למזכירות מכוח תפקידיהם [יו"ר ההנהלה, ממלא מקומו, סגן היו"ר וגזבר הכבוד].
ההנהלה רשאית לצרף למזכירות חברים נוספים בדעה מייעצת כשהרכב המזכירות משקף, ככל שניתן, את יחסי הכוחות בין הרשימות בהנהלה עצמה.
מתוקף תפקידם, משתתפים מנכ"ל וסמנכ"ל ההתאחדות בישיבות המזכירות.

החלטות המזכירות מתקבלות ברוב רגיל של בעלי זכות ההצבעה הנוכחים בישיבה.