לעיסוק בכדורגל בכלל ובליגות המקצועניות בפרט, היבטים רפואיים מרחיקי לכת. הצורך בפיקוח רפואי על העוסקים בענף זה הוא בעל חשיבות רבה ותופש מקום נכבד מאוד במהלך ניהול הענף. [לדיון מורחב בהיבטים הרפואיים ראה בפרק: התקנון הרפואי]
לשם קביעת הסטנדרטים הרפואיים הנדרשים מן העוסקים בענף, הוקמה ע"י ההנהלה הועדה הרפואית.
חברי ועדה זו ממונים ע"י ההנהלה, עפ"י המלצות החברים.
בניגוד לוועדות אחרות, אשר מאוישות ע"י אנשי ספורט ובעלי אינטרסים מקרב הקבוצות והמרכזים, הועדה הרפואית היא ועדה מקצועית גרידא, המורכבת מרופאים בעלי ידע ומומחיות ברפואת ספורט.
תפקידי הועדה הם:
1. קביעת נהלי הבדיקות הרפואיות השנתיות של שחקנים בכל הליגות.
2. פיקוח על איסור השימוש בסמים ממריצים
3. יזום וארגון השתלמויות לרופאים ופיזיותרפיסטים הפועלים בקבוצות המסונפות להתאחדות.
4. ייזום והוצאה לאור של ספרות מקצועית בנושא רפואה ספורטיבית.
בנוסף לכל אלה, וכמובן מאליו, זוהי הוועדה אשר ממליצה על שינויים בתקנון הרפואי בסעיפים המקצועיים, הנוגעים ישירות לתחום התמחותה. החלטות והמלצות הועדה מועברות למוסדות החקיקה והביצוע ומקבלות תוקף עם אישורן.