המוסדות המרכזיים של ההתאחדות אינם מסוגלים לדון בעצמם בכל העניינים ובכל הפרטים המקיפים את פעילות ההתאחדות ולגבש מסקנות לגביה. בדומה למקובל בכנסת ישראל ובחברות שונות, מתבצעת רוב עבודת ההכנה לדיונים, גיבוש המדיניות והדיון בעניינים השונים במסגרת וועדות משנה, הכפופות להנהלה.
לועדות אלו אין סמכות הכרעה או ביצוע, והחלטותיהן בגדר המלצות בלבד, אשר עוברות לאישור הגורמים המוסמכים [בדר"כ המזכירות או מליאת ההנהלה].
הועדות דנות בהצעות ובנושאים השונים הדרושים ליבון או תיקון ומגישות את המלצותיהן להכרעת מוסדות החקיקה והביצוע.
מלבד זאת, מפקחות ועדות אלה על פעילות המחלקות האדמיניסטרטיביות האחראיות על הניהול והביצוע. בראש כל ועדה ממנה ההנהלה חבר מחבריה והוא אשר מכנס את הועדה, קובע את סדר יומה ומנהל את ישיבותיה.
על כל ועדה מוטלת החובה לנהל פרוטוקול מסודר ומפורט של כל ישיבה וישיבה, אשר יישקף נאמנה את הנוכחים בישיבה ואת תוכנה.
רובן המכריע של וועדות משנה אלה מאוישות ע"י אנשי הכדורגל ונציגי מרכזי הספורט הפועלים במסגרת ההתאחדות והקבוצות, אשר חלקם כמובן הם גם חברי הנהלה ונושאי משרות בכירות [יו"ר, מ"מ, מנכ"ל].
הרכב הוועדות אינו קבוע והוא משתנה מעת לעת, תוך שמירה הדוקה על יחסי הכוחות בין המרכזים. מתוקף תפקידם, משתתפים המנכ"ל והסמנכ"ל בדיוני הועדות כשהקוורום לקיום ישיבות ועדות ההתאחדות הוא נוכחות של 50% מקרב חברי הוועדה.