ביה"ד המשמעתי הינו המוסד השיפוטי הפעיל והדינמי ביותר מבין מוסדות השיפוט של ההתאחדות לכדורגל - מתכנס מדי שבוע (בד"כ בימי רביעי) בכדי לדון בעשרות הדיונים המשמעתיים המונחים בפניו. החלטות בית הדין המשמעתי ניתנות, בד"כ, בו ביום וזאת נוכח הצורך לתת החלטות מהירות שיאפשרו לועדת הליגה והגביע, לקבוצות ולשחקנים להיערך לסבב המשחקים, כפועל יוצא מאותן ההחלטות.
ביה"ד המשמעתי דן בכל עניין בשבתו כדן יחיד, למעט מקרים מיוחדים המפורטים בתקנון המשמעת, בהם ישב ביה"ד המשמעתי בהרכב של שניים או שלושה דיינים, בהתאם לעניין.
יודגש, כי זכות הערעור של פרט (שחקן/בעל תפקיד) אינה קנויה באופן אוטומטי, בניגוד לזכות הערעור האוטומטית של קבוצה.
לבית הדין המשמעתי יש דיין ראשי שתפקידו לתת מענה לשאלות משפטיות וטכניות העולות מעת לעת בקשר לדיונים המשמעתיים, כמו כן, הדיין הראשי מנחה את מזכירות ביה"ד המשמעתי לגבי אופן שמיעת הדיונים ונותן החלטות בבקשות מקדמיות הנוגעות לדיונים, כגון: בקשות לאישור ייצוג על ידי עו"ד, בקשות לדחיית דיונים וכל בקשה אחרת הקשורה בענייני הדיונים המשמעתיים.