בראש המערכת השיפוטית של מוסדות השיפוט בהתאחדות לכדורגל ניצב בית הדין העליון שהינו הערכאה השיפוטית העליונה של ההתאחדות, בו מכהנים 13 חברים.
בהתאם לקבוע בתקנון היסוד, נבחרים חברי ביה"ד העליון לכהונה על ידי האסיפה הכללית של ההתאחדות לכדורגל.
לביה"ד העליון נשיאות, המונה 3 חברים, הנבחרים ע"י מליאת בית הדין מקרב חבריו.
סמכויות ביה"ד העליון וסדרי הדין בו מוגדרים ב"תקנון ביה"ד העליון". התקנון האמור מקנה לביה"ד העליון סמכויות נרחבות. כך, יכול ביה"ד העליון לדון בכל בקשה או ערעור על כל החלטה של מוסד ממוסדות ההתאחדות, למעט החלטות המוסד לבוררות והחלטות בעלות אופי מנהלי.
כמו כן, לביה"ד העליון הסמכות השיורית לדון ולהחליט בכל עניין שאינו בסמכותו של כל מוסד אחר ממוסדות ההתאחדות.
ביה"ד העליון מוסמך לדון ולהחליט בערעורים על החלטות ביה"ד המשמעתי, בערעורים על החלטת ליגה וגביע, ערעורים על פס"ד של ועדת המשמעת של איגוד השופטים וכן בערעורים על החלטות הנהלת ומזכירות ההתאחדות פרט להחלטות בעלות אופי מנהלי.
כל החלטה של ביה"ד העליון תהיה סופית, אלא אם כן נאמר אחרת. ביה"ד העליון מוסמך לדון בדיון נוסף בהתאם להוראות הקבועות בתקנון.
הערעור לביה"ד העליון יוגש במסירת כתב ערעור, אשר חייב להכיל את הנימוקים המפורטים לערעור וכן את הפרטים המצוינים בתקנון. הערעור יוגש במסירת 5 עותקים. יש לציין כי, הגשת ערעור לביה"ד העליון אינה מעכבת את ביצוע ההחלטה אלא אם נאמר אחרת.
כמו כן, כל צד מעוניין יהיה רשאי להיות מיוצג בפני בית הדין העליון ע"י בא כוח מוסמך.
בקשה לדיון נוסף תוגש תוך 5 ימים מיום מתן פסק הדין, בקשו זו תובא בפני הנשיאות שתחליט על קיום דיון נוסף על פי שיקול דעתה.