ועדת החנינות, מורכבת מחברי נשיאות בית הדין העליון ומוסמכת לדון בבקשות חנינה של פרט או קבוצה המוגשות לה והכל בהתאם לתקנון ביה"ד העליון.
פרט או קבוצה רשאים להגיש בקשה כאמור שתוגש בשלושה העתקים, רק לאחר ריצוי מחצית מהעונש שנפסק ע"י בית הדין המשמעתי ולא פחות מריצוי 3 חודשים. פרט אשר נידון להרחקה לצמיתות רשאי להגיש בקשת חנינה רק לאחר שריצה 5 שנים מעונשו. לגבי עונשים כספיים, יהיה ניתן להגיש בקשת חנינה רק לאחר תשלום 50% מסכום הקנס.
קבוצה אשר הוענשה ע"י ביה"ד בעונש של הפסקת פעילות או הורדת ליגה כתוצאה מאי הופעה למשחק/ים רשאית גם היא להגיש בקשת חנינה.
בקשת החנינה בצירוף החומר הרלבנטי ובצירוף תגובת היועמ"ש להתאחדות, תועבר לדיון בועדת החנינות. החלטת הועדה תינתן בכתב למבקש ללא חובת נימוק.
הועדה תפעל על פי שיקול דעתה הבלעדי להענקת חנינות במקרים שיוברר כי למבקש החנינה נגרם עוול שלא ניתן לתקנו ע"י החלטת ביה"ד העליון.