פעילותו של ענף הכדורגל בישראל, מוסדרת בקובץ תקנונים, הקובעים, כ"א בתחומו, את "כללי המשחק" המחייבים את כלל הקבוצות החברות בהתאחדות.
כך למשל מסדיר תקנון האליפות את משחקי הליגות השונות, תקנון בקרת התקציבים את הקמת הרשות לבקרת תקציבים ואת הכללים על פיהן פועלת הרשות, וכך הלאה.
הנהלת ההתאחדות היא הגוף המוסמך להתקין את תקנוני ההתאחדות (למעט תקנון היסוד ותקנון ביה"ד העליון, שהתקנתם בסמכות האסיפה הכללית).
תקנון היסוד קובע כי תקנוני פיפ"א (ההתאחדות העולמית לכדורגל) ואופ"א (ההתאחדות האירופאית לכדורגל) חלים ומחייבים את ההתאחדות, הקבוצות וכל הפועלים במסגרתן.
תקנון היסוד, תקנון ביה"ד העליון ותקנון המשמעת מסדירים את הקמתה ואת היקף פעילותה וסמכויותיה של המערכת המשפטית של ההתאחדות, קרי, ביה"ד העליון וביה"ד המשמעתי; כמו כן מוסדרים פעילותם וסמכויותיהם של המוסד לבוררות ושל המוסד למעמד השחקן בתקנון המוסד לבוררות ובתקנון הרישום.
דייני ביה"ד והבוררים פוסקים לפי מיטב שיקוליהם, הכרתם ומצפונם השיפוטי ועל פי תקנוני ההתאחדות.
תקנוני ההתאחדות חלים ומחייבים את קבוצות הכדורגל ואת הפועלים במסגרותיהן - שחקנים, מאמנים וממלאי תפקידים וכן את שופטי הכדורגל והסוכנים המורשים, וכל אלה כפופים גם להחלטות המוסדות השיפוטיים הנ"ל.
המערכות התקנוניות והשיפוטיות פועלות מאז הקמת ההתאחדות מכח הסמכות שהוענקה להתאחדות ע"י פיפ"א.
משנחקק חוק הספורט בשנת 1988, נקבעו במסגרתו הוראות בדבר סמכות ההתאחדויות ואיגודים להתקין תקנונים אשר יסדירו את הניהול התקין של הענף שהם מרכזים ואשר יחייבו את אגודות הספורט, הספורטאים ובעלי התפקידים באותו ענף (סעיף 10 לחוק) ובדבר הסמכות הבלעדית של מוסדות השיפוט הפנימיים אשר נקבעו בתקנוני ההתאחדות, לדון ולהחליט בעניינים הקשורים לפעילות במסגרת ההתאחדות (סעיף 11 לחוק).
המערכת התקנונית והשיפוטית מהוות, כאמור, את התשתית לפעילותה של ההתאחדות ומהן שואבת ההתאחדות את סמכויותיה לניהול ותיפעול ענף הכדורגל בישראל.