איגוד השופטים בהתאחדות לכדורגל אחראי לשיפוט בכל משחקי הכדורגל המתקיימים בליגות השונות של ההתאחדות לכדורגל בישראל.
בראש המערכת ניצב יו"ר הנהלת האיגוד ומתחתיו הנהלה בת חמישה חברים, אחד מחברי ההנהלה הוא יו"ר הועדה המקצועית הארצית.
באיגוד מספר ועדות, שהחשובה בהן היא הועדה המקצועית אשר מטפלת בכל הנושאים המקצועיים, כמו מינוי שופטים ומבקרים, דיון בטעויות שיפוט, מבחני כושר וחוקה וכו'.
ועדות אחרות הינן ועדת א'-ב, הועדה לטיפול בתלונות הקבוצות, ועדת ההדרכה וועדת האירוח.
בנוסף ישנם באיגוד השופטים מספר בעלי תפקידים מקצועיים כמו משבצים ארציים ואזוריים, רכזי מבקרים, רכזי חניכה, מדריכים, ומאמני כושר.
בכל הנושאים האדמיניסטרטיביים מטפל מנהל האיגוד האחראי גם על ההתנהלות מול ההתאחדות לכדורגל וגופים חיצוניים. מתחתיו מצויים ארבעה מנהלי איזורים.
איגוד השופטים מחולק ע"פ חלוקה גיאוגרפית לארבעה אזורים: אזור הצפון שמרכזו בחיפה, אזור השרון שמרכזו בנתניה, אזור המרכז שמרכזו בת"א ואזור הדרום שמרכזו בב"ש.
בכל אזור מתקיים בכל סוף שבוע כנס בו משתתפים כל השופטים מאותו אזור.
בכנס זה מחולקים השיבוצים למשחקי סוף השבוע ומתקיימות הרצאות מקצועיות.
הגיל המינימלי להצגת מועמדות לקורס שופטי כדורגל הינו 16 והגיל המקסימלי-26. המועמד יבחן על-ידי ועדת קבלה ובמידה ויתקבל יצטרך לעמוד בבדיקות רפואיות ובמבחני כושר וחוקת המשחק. קורס השופטים נמשך 4-5 ימים אינטנסיביים ומתקיים במקומות שונים בארץ על פי הנחיצות.
באיגוד השופטים מקפידים מאוד על העצמאות המקצועית כך שלמרות שמבחינה ארגונית איגוד השופטים מהווה אגף בהתאחדות לכדורגל, הרי שכל מוסדותיו המקצועיים עצמאיים וכל ההחלטות והמינויים מתקבלים ע"י גופים בלתי תלויים ומקצועיים.