פעילותו של ענף הכדורגל בישראל, מוסדרת בקובץ תקנונים, הקובעים, כ"א בתחומו, את "כללי המשחק" המחייבים את כלל הקבוצות החברות בהתאחדות.
כך למשל מסדיר תקנון האליפות את משחקי הליגות השונות, תקנון בקרת התקציבים את הקמת הרשות לבקרת תקציבים ואת הכללים על פיהן פועלת הרשות, וכך הלאה.
הנהלת ההתאחדות היא הגוף המוסמך להתקין את תקנוני ההתאחדות (למעט תקנון היסוד ותקנון ביה"ד העליון, שהתקנתם בסמכות האסיפה הכללית).
תקנון היסוד קובע כי תקנוני פיפ"א (ההתאחדות העולמית לכדורגל) ואופ"א (ההתאחדות האירופאית לכדורגל) חלים ומחייבים את ההתאחדות, הקבוצות וכל הפועלים במסגרתן.
תקנון היסוד, תקנון ביה"ד העליון ותקנון המשמעת מסדירים את הקמתה ואת היקף פעילותה וסמכויותיה של המערכת המשפטית של ההתאחדות, קרי, ביה"ד העליון וביה"ד המשמעתי; כמו כן מוסדרים פעילותם וסמכויותיהם של המוסד לבוררות ושל המוסד למעמד השחקן בתקנון המוסד לבוררות ובתקנון הרישום.
תקנונים אלו מעודכנים נכון לחודש יולי 2009. לשינויי תקנון שאושרו בישיבות הנהלת ההתאחדות בתאריכים מאוחרים יותר יש לעיין בפרסומי ההתאחדות הרשמיים. לצפייה בפרסומים הרשמיים, לחץ כאן.