יחידת המחקר בהתאחדות לכדורגל קמה במטרה לעודד את החקר, ההבנה והניתוח של מאפייני הכדורגל הישראלי במגוון רחב של תחומים. תוך ניסיון להסתייע במחקר מדעי בתחומי מדעי ההתנהגות (פסיכולוגיה, סוציולוגיה, אנתרופולוגיה), הכלכלה, החיים (פיזיולוגיה, אנטומיה, ביומכניקה, קיניזיולוגיה) ומדעי האימון של הספורט בכלל והכדורגל בפרט, שמה לעצמה היחידה למטרה לסייע לחוקרים ולתלמידי מחקר (תלמידים לתואר "מוסמך" ו"דוקטור") בקידום חקר הכדורגל בישראל.

יחידת המחקר, בדומה ליחידות מחקר דומות בעולם, תשמש מנגנון רחב לביצוע, פיקוח וניטור מחקרים אקדמיים ומקצועיים לקידום חקר הכדורגל וסביבתו בישראל. מחקרים מדעיים במגוון רחב של נושאים יסייעו לשפוך אור על נושאים רבים העומדים על סדר יומה של ההתאחדות (אלימות, פרופיל אוהדים, פרופיל פיסיולוגי של השחקן הישראלי, השפעת החלטות בתי הדין המשמעתיים, ונושאים רבים נוספים), יספקו מידע עדכני ואמין ויעזרו בתהליכי קבלת החלטות במוסדות ההתאחדות.